Stigmata a été formé en 2003 par Taras Urmanskiy (Guitar) et Dennis Kitschenko (Bass guitar), le groupe n'avait pas encore de  nom. Le groupe fut nommé quelques mois plus tard. Quelques journalistes disaient que le nom du groupe avait des origines religieuses. En 2004 Nikita Ignatjew (Drums) et le chanteur Artjom Lozki rejoignent le groupe. A son début le groupe organisait les concert et les clips tout seul. La même année le groupe signe avec le label russe Kap-Kan Records et enregistre son premier album intitulé Конвеер снов.[1]
L'album est réédité en mai 2005. Le troisième album Больше чем любовь  was released in September 2005. Au printemps 2006 Stigmata édite un DVD appelé Pieces of Live comprenant de 17 de leurs chansons. La meme année Nikita Ignatjew quitte le groupe et fut remplacée par by Phil Terpezki. Andrej Anissimow devient le nouveau guitariste du groupe. En Décembre 2006 Stigmata sort le premier single appelé Лед. La chanson est un succes et sera  classée dans le "russish Alternative Charts".
Le groupe gagne au Victoire de la musique de St Petersburg 2007 dans la catégorie Chanson de l'année pour leur chanson Лед. Лед sortira en anglais et est téléchargeable sur leur profile. Le groupe a tourné en Biélorussie , Estonie, Lituanie et en Ukraine pour leur première tournée et partagèrent la scène avec Pleymo et  Natalie Imbruglia au "Russias biggist Rock music festival The Wings."
L'année 2007 Commence avec une tournée de concert en Russie avec Killswitch Engage et Caliban. Leur second single Сентябрь sortait la même année. Stigmata signe avec Navigator Records et produit le quatrième album studio, Stigmata. En fin d'année 2007 Phil Terpezki quitte le groupe et Fjodor Loschkin devient le nouveau batteur Drummer de Stigmata.
En 2008 le groupe sort son second DVD intitulé Acoustic & Drive.
En 2009 le groupe sort son troisième single Взлёт и Падение. Et dans la même année le cinquième album studio Мой путь (My Way). L'album sortit en deux versions: une normale avec 10 morceaux et une version numérique avec eintro outro et trois clips.
L'été 2010 le groupe joua avec Bullet for My Valentine a quelques concert. Un an plus tard le groupe partage la scene avec Jane Air et The Korea